
Администрация
Руководителем Зоологического института является директор. Он осуществляет руководство институтом на принципах единоначалия, организует работу института в пределах своей компетенции и несет ответственность за его деятельность. В настоящее время директором Зоологического института является член-корреспондент РАН Никита Севирович Чернецов (Приказ Минобрнауки России № 10-2/2 п-о от 09 января 2025 г.).
В целях сохранения преемственности и обеспечения развития научных школ и направлений в Зоологическом институте введена должность научного руководителя. Научным руководителем института является академик Олег Николаевич Пугачев, директор Зоологического института в 2006-2018 гг.
Директор Зоологического института имеет двух заместителей по научной работе. Заместителями директора являются к.б.н. Игорь Геннадьевич Данилов и к.б.н. Виктор Вячеславович Старунов. Заместителем директора института также является директор Биологической станции «Рыбачий» к.б.н. Андрей Леонидович Мухин. Кроме того, у директора института есть заместитель по музейной работе. Эту должность занимает Юлия Владимировна Скучас. Заместителем директора по общим вопросам является Юрий Анатольевич Григорьев; в его обязанности входит административное и техническое обеспечение работы института.
В институте предусмотрена должность ученого секретаря; его должностные обязанности определяются директором института. Ученым секретарем Зоологического института является д.б.н. Наталья Николаевна Безбородкина.

Чернецов
Никита Севирович
Директор

Пугачёв
Олег Николаевич
Научный руководитель института

Данилов
Игорь Геннадьевич
Заместитель директора по научной работе

Старунов
Виктор Вячеславович
Заместитель директора по научной работе

Мухин
Андрей Леонидович
Директор филиала, заместитель директора

Скучас
Юлия Владимировна
Заместитель директора по музейной работе

Григорьев
Юрий Анатольевич
Заместитель директора по общим вопросам

Безбородкина
Наталья Николаевна
Ученый секретарь