Проекты и программы

Национальный проект «Наука и университеты»

 

Зоологический институт Российской академии наук активно участвует в реализации национального проекта «Наука и университеты». В рамках этого национального проекта Зоологический институт участвует в программе обновления приборной базы ведущих организаций, выполняющих научные исследования и разработки.

Помимо этого, Зоологический институт выполняет грант в форме субсидии из федерального бюджета на реализацию отдельных мероприятий ФНТП развития генетических технологий на 2019–2027 годы (часть федерального проекта «Исследовательское лидерство»): проект «Развитие крупнейшей биоресурсной коллекции России на базе Уникальной фондовой коллекции Зоологического института РАН: изучение, рациональное использование и ответственное хранение генетических ресурсов мировой фауны» выполняется в 2021–2023 гг.

Кроме того, в рамках национального проекта «Наука» (в настоящее время — «Наука и университеты») 29 декабря 2018 г. в институте была создана новая лаборатория клеточной и молекулярной протистологии. Основным направлением деятельности лаборатории являются эволюционные и таксономические исследования ключевых филогенетических ветвей одноклеточных эукариот, исследования по проблеме вида, биогеографии и роли протистов в природных сообществах.

Лаборатория клеточной и молекулярной протистологии

Общая информация. Лаборатория клеточной и молекулярной протистологии открыта 29 декабря 2018 года в рамках национального проекта «Наука». Основным направлением деятельности лаборатории являются эволюционнные и таксономические исследования ключевых филогенетических ветвей одноклеточных эукариот, исследования по проблеме вида, биогеографии и роли протистов в природных сообществах. В настоящее время работа лаборатории выполняется в рамках темы государственного задания «Морфологические и молекулярные аспекты эволюции и разнообразия протистов и беспозвоночных животных» (№ 1021051703357-3), совместно с лабораторией эволюционной морфологии, и поддержана тремя грантами РНФ 20-14-00181 «Amoebozoa Мирового океана: филогения, состав сообществ и закономерности глобального распространения», 21-14-00191 «Трипаносоматиды кровососущих насекомых умеренной зоны — действительные и потенциальные патогены животных и человека» и 22-24-01149 «Геном Nuclearia как ключ к выявлению генов полиморфизма базальных Holomycota».

Состав и структура. Численность лаборатории — 10 постоянных ставок научных сотрудников, кроме того, в работе лаборатории участвуют пять временных сотрудников — членов научных коллективов, выполняющих исследования по грантам РНФ. На базе лаборатории регулярно проходят производственные практики студентов различных вузов Санкт-Петербурга и других городов. В лаборатории выполняют выпускные квалификационные работы пять студентов различных вузов Санкт-Петербурга.

Руководитель: к.б.н. Кудрявцев Александр Александрович; год рождения: 1978; h-index: 20 (Scopus), 19 (WoS); количество публикаций: 58 (в т. ч. в журналах, индексируемых WoS или Scopus: 55).

Основные научные результаты. За время работы лаборатории ее сотрудниками проведены комплексные исследования биоразнообразия и филогении нескольких эволюционных ветвей солоноватоводных амебоидных протистов (Amoebozoa). Изучены эволюционные взаимоотношения загадочной амебы Janickina pigmentifera — паразита морских стрелок (Chaetognatha), впервые описанного 150 лет назад, и продемонстрировано эволюционное единство всех амеб, содержащих в цитоплазме симбиотического кинетопластидного жгутиконосца (Volkova, Kudryavtsev, 2021). Впервые выявлен род амеб, состоящий исключительно из видов-двойников, которые полностью идентичны особенностями морфологии, но существенно отличаются молекулярно-генетическими признаками, экологическими предпочтениями и местообитаниями (Kudryavtsev, Volkova, 2020). Изучен и идентифицирован первый вид амебоидных протистов, ассоциированный с жаберной болезнью форели (Oncorhynchus mykiss) в рыбоводческих хозяйствах Карелии (Kudryavtsev et al., 2022). На основании анализа всех опубликованных данных составлен аннотированный каталог всех морских и солоноватоводных видов голых лобозных амеб (Amoebozoa) (Kudryavtsev et al., 2021). В результате сравнительного анализа транскриптомов одноклеточных и многоклеточных опистоконт выдвинута гипотеза о независимом происхождении жизненных циклов грибов и афелид (паразитических простейших водорослей) от общего полиморфного предка (Pozdnyakov et al., 2021). Впервые выявлен полиморфизм видовых признаков (покрова клетки) в жизненном цикле центрохелидных солнечников (Drachko et al., 2021), описано два новых рода и три новых вида центрохелид. Среди инфузорий описан новый представитель комплекса видов Paramecium aurelia из мексиканских биотопов (Potekhin, Mayén-Estrada, 2020) и впервые с использованием молекулярно-генетических методов переисследована морская суктория Ophryodendron abietinum (Khabibulina et al., 2021). Среди значимых достижений в изучении паразитических жгутиконосцев-трипаносоматид следует отметить открытие нового вируса в человеческом паразите Leishmania martiniquensis, который, в отличие от уже известных, не относится к группе LRV (РНК-содержащие вирусы лейшманий) и может влиять на уровень патогенности хозяина (Grybchuk et al., 2020).

Публикации. За период 2019–2021 гг. сотрудниками лаборатории опубликовано 52 статьи в научных периодических изданиях, в том числе, 46 статей в журналах, индексируемых в Web of Science (из них 10 статей в журналах первого квартиля).

Kudryavtsev A., Volkova E. 2020. Cunea russae n. sp. (Amoebozoa, Dactylopodida), another cryptic species of Cunea Kudryavtsev and Pawlowski, 2015, inhabits a continental brackish-water biotope. Eur. J. Protistol., 73, 125685. https://doi.org/10.1016/j.ejop.2020.125685

Volkova E., Kudryavtsev A. 2021. A morphological and molecular reinvestigation of Janickina pigmentifera (Grassi, 1881) Chatton 1953 – an amoebozoan parasite of arrow-worms (Chaetognatha). Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 71, 005094. https://doi.org/10.1099/ijsem.0.005094

Kudryavtsev A., Kondakova E., Volkova E., Parshukov A. 2022. Vannella mustalahtiana n. sp. (Amoebozoa, Vannellida) and rainbow trout nodular gill disease (NGD) in Russia. Dis. Aquat. Org., 148, 29–41. https://doi.org/10.3354/dao03641

Kudryavtsev A., Volkova E., Voytinsky F. 2021. A checklist of Amoebozoa species from marine and brackish-water biotopes with notes on taxonomy, species concept and distribution patterns. Protistology, 15, 220–273. https://doi.org/10.21685/1680-0826-2021-15-4-3

Pozdnyakov I. R., Zolotarev A. V., Karpov S. A. 2021. Comparative analysis of zoosporogenesis’ genes of the bastoclad Blastocladiella emersonii and the aphelid Paraphelidium tribonematis reveals the new directions of evolutionary research. Protistology, 15, 10–23. https://doi.org/10.21685/1680-0826-2021-15-1-2

Drachko D., Shɨshkin Y., Zlatogursky V. V. 2020. Phenotypic masquerade: Polymorphism in the life cycle of the centrohelid heliozoan Raphidiophrys heterophryoidea (Haptista: Centroplasthelida). Eur. J. Protistol., 73, 125686. https://doi.org/10.1016/j.ejop.2020.125686

Potekhin A., Mayén-Estrada R. 2020. Paramecium diversity and a new member of the Paramecium aurelia species complex described from Mexico. Diversity, 12(5), 197. https://doi.org/10.3390/d12050197

Khabibulina V., Melekhin M., Belokon M., Borodin N. 2021. First record of the suctorian ciliate Ophryodendron abietinum (Ciliophora, Phyllopharyngea), the epibiont of Hydrozoa in the White Sea. Protistology, 15, 34–40. https://doi.org/10.21685/1680-0826-2021-15-1-4

Grybchuk D., Macedo D.H., Kleschenko Y., Kraeva N., Lukashev A.N., Bates P.A., Kulich P., Leštinová T., Volf P., Kostygov A.Y., Yurchenko V. 2020. The first non-LRV RNA Virus in Leishmania. Viruses, 12, 168. https://doi.org/10.3390/v12020168

 

 

Развитие крупнейшей биоресурсной коллекции России на базе Уникальной фондовой коллекции Зоологического института РАН: изучение, рациональное использование и ответственное хранение генетических ресурсов мировой фауны

 

Грант в форме субсидии из федерального бюджета на реализацию отдельных мероприятий Федеральной научно-технической программы развития генетических технологий на 2019–2027 годы (II очередь. Биоресурсные коллекции)

Номер соглашения: 075-15-2021-1069

Сроки реализации: 29.09.2021 — 31.12.2023

Руководитель: д.б.н. Абрамов Алексей Владимирович

Проект направлен на инфраструктурное и информационное развитие биоресурсной коллекции на базе Уникальной фондовой коллекции Зоологического института РАН, а также внедрение современных молекулярно-генетических методов характеризации коллекционных образцов, новых стандартов хранения, каталогизации и мониторинга коллекций, новых способов взаимодействия с пользователями зоологических коллекций и создания на ее основе сетевой коллекции по направлению БРК «Музейные коллекции животных». Проект предполагает внедрение единых стандартов хранения для обеспечения длительного существования независимого российского источника генетической информации по мировой наземной и водной фауне. Отдельное внимание будет уделено подготовке высококвалифицированных кадров в области молекулярной генетики и коллекционного дела.

Задачи проекта:

1. Разработка и широкое внедрение молекулярно-генетических методов для характеризации и анализа коллекционных образцов (видового определения, описания параметров изменчивости) и обеспечения надежного хранения генетических данных по уникальным (номенклатурные типы и исторически значимые экземпляры), хозяйственно и эпидемиологически значимым зоологическим образцам.
2. Развитие новых функций биоресурсной коллекции УФК ЗИН РАН за счет создания новых типов коллекций (единиц хранения), в том числе коллекции активных и замороженных культур гетеротрофных протистов, замороженных тканей животных и тотальной ДНК, цифрового депозитария типовых материалов и каталога генетических данных.
3. Разработка и внедрение единых стандартов хранения, каталогизации, постановки на хранение, дигитализации и характеризации коллекционных образцов биоресурсных коллекций направления «Музейные коллекции животных» с использованием традиционных зоологических и молекулярно-генетических методов на примере УФК ЗИН РАН.
4. Разработка информационно-аналитической системы (ИАС) УФК ЗИН РАН, обеспечивающей хранение цифровой информации по материалам коллекций, что существенно повысит доступность поиска необходимой информации по коллекционным образцам. Использование разработанной ИАС в сетевом взаимодействии БРК «Музейные коллекции животных» позволит создать единый комплекс зоологических коллекций.
5. Развитие материально-технической базы УФК ЗИН РАН путем создания современных хранилищ мирового уровня с соответствующим температурным и влажностным режимом для обеспечения современных стандартов хранения и мониторинга разных типов коллекционных образцов (влажные, сухие, замороженные) и расширения коллекций.
6. Подготовка высококвалифицированных кадров в области современной работы с биоресурсными коллекциями и генетических технологий.

Документы

Заключительный отчёт о научно-исследовательской работе в 2021–2023 гг.

Промежуточный отчёт о научно-исследовательской работе в 2023 г.

Промежуточный отчёт о научно-исследовательской работе в 2022 г.

Промежуточный отчёт о научно-исследовательской работе в 2021 г. (Книга 1)

Промежуточный отчёт о научно-исследовательской работе в 2021 г. (Книга 2)