Коллекции различных групп животных значительно отличаются типом хранения, степенью изученности, объемом сопутствующих сведений, которые необходимо включить в базы данных. Например, коллекции морских беспозвоночных хранятся в стеклянных банках, содержащих различное количество экземпляров животных; зачастую часть животных из мало исследованных групп определены приблизительно и мнения специалистов расходятся. Единицей хранения, заносимой в каталог и имеющей уникальный инвентарный номер, является емкость с фиксированными объектами. В качестве необходимых сопутствующих сведений указываются координаты места сбора (станции), глубина, характер грунта, орудие лова и др.
Напротив, для наземных позвоночных инвентарной единицей хранения является один экземпляр или даже его часть (остеологические и палеонтологические коллекции), идентификация которых обычно не вызывает затруднений. Для каждой единицы хранения нужно указать сведения о поле, возрасте, месте добычи (проблемы вызывает установление соответствия старых названий новым и поиск неточно указанного места сбора). Особые требования к программе ввода коллекционных данных предъявляют сухие коллекции насекомых или смонтированные на предметных стеклах препараты микроскопических животных.
Кроме столь различных требований, обусловленных характером объектов, в программе ввода пришлось учесть возможные ошибки операторов и по возможности заменить ввод с клавиатуры выбором из меню. Для того, чтобы объединить все перечисленные требования в одной программе с небольшим числом экранных форм ввода, мы разделили вводимую информацию по разным базам данных - TAXCOLL, TAXDET, SEXAGE, LABELS, POINTS, STATIONS. Связь между ними осуществляется с помощью уникальных аббревиатур (географических названий и названий животных) или инвентарных номеров. Выбор нужного таксона осуществляется с использованием баз ANIMIS и RANCOD. При заполнении экрана ввода сведения об инвентарном и вспомогательном номерах, характере экземпляров, дате (датах, в случае нескольких экземпляров под одним номером) сбора, поле и возрасте (в случае 1 экземпляра), коллекторе, собравшем материал, и месте его хранения в коллекции заносятся в базу TAXCOLL. Если единица хранения содержит несколько экземпляров, то данные о возрасте и количестве самцов и самок заносятся в базу SEXAGE. В случае, когда экземпляр неоднократно переопределялся, необходимая информация об этом (кто из специалистов, когда и как определил этот экземпляр) помещается в базу TAXDET. Список специалистов, из которого производится выбор, берется из базы SPECS, а из базы ANIMIS - список таксонов возможного определения. Место добычи выбирается из базы LABELS, если место находки не имеет точных координат, или из базы POINTS, если точка находки точно определена. При этом в базу TAXCOLL помещаются лишь: тип кода точки находки - указание на то, в какой из баз находится собственно название, и буквенный код
Программы выдачи коллекционных сведений по запросам также учитывают специфику разных коллекций. Ниже демонстрируется результат выдачи данных о коллекционных экземплярах нескольких видов офиур, встречающихся в арктических морях (куратор баз данных - И.С.Смирнов). Для каждой единицы хранения сообщаются: коллекционный номер, название судна, с которого сделаны сборы, дата поимки, номер станции, море, широта и долгота места добычи, глубина, фамилия сборщика. Кроме этих сведений при желании могут быть выданы дополнительные: температура и соленость воды, характер грунта, тип орудия лова и т.п.
Особую научную ценность представляют в коллекции ЗИН типовые экземпляры - своего рода эталоны видов и подвидовых таксонов. На сайте "Жуки и колеоптерологи" создана специальная коллекционная база данных, ориентированная на сведения о типовых экземплярах. К декабрю 2006 г. в базе данных было 1659 записей, представленных таблицами на трех веб-страницах.
Еще более полно представлена информация о типовых экземплярах муравьиных львов (Insecta: Neuropotera: Myrmeleontidae). База данных содержит 3200 записей о типовых экземплярах не только коллекции ЗИН, но и других музеев мира.
Необходимо отметить, что информация на веб-портале ЗИН во многих случаях охватывает не только коллекцию ЗИН, но и другие важнейшие коллекции России и зарубежных музеев. На сайте "Жуки и колеоптерологи" имеется специальный раздел с описаниями коллекций других музеев. В нем представлены Зоологический музей Московского университета, Палеонтологический институт РАН, Сибирский зоологический музей ИСиЭЖ СО РАН (Новосибирск), Американский Национальный музей естественной истории в Вашингтоне (Смитсоновский институт), Музей естественной истории в Лондоне (Британский музей), Будапештский музей, Муниципальный музей естественной истории им. Джиокомо Дориа в Генуе (Италия), Национальный музей естественной истории в Париже, Финский музей естественной истории в Хельсинки, Львовский природоведческий музей и другие музеи.
Большое внимание на сайтах веб-портала ЗИН РАН, опирающихся на теоретические разработки проекта "ЗООИНТ", уделяется сейчас представлению изображений коллекционных экземпляров из богатейших собраний института. На сайте "Жуки и колеоптерологи" постоянно пополняется атлас жуков России и сопредельных стран. В конце 2006 г. в атласе было уже 2400 видовых страниц, из них более 2100 содержат фотографии конкретных коллекционных экземпляров и данные их этикеток. Ниже даны примеры нескольких изображений из атласа
Специфическая виртуальная коллекция нематод Антарктики, обнаруженных и обработанных А. Ю. Рыссом и другими российскими биологами, создается на сайте по круглым червям. В виртуальной коллекции использована часть материалов из совместных исследований с сотрудниками Шведского музея естественной истории (Стокгольм). Виртуальная коллекция состоит из тотальных (полноформатных) цветных изображений нематод c микрометрической шкалой. Каждое изображение составлено из большого количества совмещенных цифровых фотографий, сделанных на больших увеличениях (1400 и 2700 Х) светового микроскопа. Таким образом получено свыше 400 изображений различных видов нематод из препаратов коллекции ЗИН, которые постепенно будут выставлены в Интернете на сайте ЗИН РАН.