О школе

C 4 по 12 октября 2023 года на базе Зоологического института РАН состоится Всероссийская школа молодых ученых «Высокопроизводительное секвенирование, получение и анализ данных в филогенетике».

Школа проводится в рамках выполнения гранта в форме субсидии из федерального бюджета на реализацию отдельных мероприятий Федеральной научно-технической программы развития генетических технологий на 2019–2027 годы (II очередь. Биоресурсные коллекции), номер соглашения: 075-15-2021-1069, «Развитие крупнейшей биоресурсной коллекции России на базе Уникальной фондовой коллекции Зоологического института РАН: изучение, рациональное использование и ответственное хранение генетических ресурсов мировой фауны».

Основными планируемыми тематиками лекций, пленарных докладов и практических занятий, рассчитанных на молодых ученых, аспирантов и студентов, будут вопросы получения, обработки данных и анализа результатов полногеномного секвенирования для решения задач в рамках зоологических исследований.

Занятия проведут ведущие специалисты в своих областях:

  • Наталья Иосифовна Абрамсон
    к.б.н., в.н.с., заведующая лабораторией эволюционной геномики и палеогеномики Зоологического института РАН, Санкт-Петербург
  • Анна Алексеевна Намятова
    к.б.н., с.н.с., руководитель ЦКП «Таксон» Зоологического института РАН, Санкт-Петербург
  • Татьяна Владимировна Неретина
    к.б.н., н.с., руководитель лаборатории молекулярной биологии Беломорской биологической станции имени Н.А. Перцова биологического факультета МГУ имени М.В.Ломоносова
  • Артем Валерьевич Недолужко
    к.б.н., директор по развитию лаборатории палеогеномики Европейского университета Санкт-Петербурга
  • Полина Борисовна Дроздова
    к.б.н., руководитель группы молекулярной генетики эндемиков озера Байкал, НИИ биологии Иркутского государственного университета
  • Ольга Васильевна Бондарева
    к.б.н., н.с., лаборатория эволюционной геномики и палеогеномики Зоологического института РАН, Санкт-Петербург
  • Федор Сергеевич Шарко
    к.б.н., лаборант-исследователь, лаборатория Геномная фабрика Курчатовского института
  • Сергей Михайлович Расторгуев
    к.б.н., с.н.с., лаборатория экспериментальной эмбриологии РНИМУ им. Н.И. Пирогова
  • Михаил Петрович Райко
    к.б.н., с.н.с., ЦАБ Санкт-Петербургский государственный университет

Комитеты школы

Организационный комитет
Председатель — Н.И. Абрамсон, к.б.н.
Секретарь — Л.С. Турсунова

Т.В. Петрова, к.б.н.
А.А. Намятова, к.б.н.
С.Ю. Бодров

Научный комитет
Н.И. Абрамсон, к.б.н.
А.А. Намятова, к.б.н.
Т.В. Петрова, к.б.н.
О.В. Бондарева, к.б.н.
С.Ю. Бодров

Программа школы

Программа включает теоретическую часть с лекциями ведущих исследователей и практические занятия, на которых у участников будет возможность познакомиться с основными методами анализа данных полногеномного секвенирования. Для участия необходимо будет иметь ноутбук с предустановленными программами.

Предварительный список тем:

  • Общие сведения о NGS, сравнение разных поколений и платформ
  • Введение в Unix
  • Работа в командной строке Unix, установка программ, взаимодействие с удаленным сервером.
  • Пробоподготовка, особенности при работе с коллекционными образцами
  • Форматы данных
  • Оценка качества сырых данных
  • Выравнивнивание на референс
  • SNP calling, формат данных VCF
  • Филогенетическая реконструкция на геномных данных
  • Изучение гибридизации на геномных данных
  • Палеогеномика

Программа школы

Как принять участие

Для подачи заявок необходимо пройти курс на платформе stepic.org, успешно справившиеся с курсом получат возможность заполнить анкету участника и мотивационное письмо, что и будет являтся заявкой.
Ссылка на курс-тестирование:

https://stepik.org/invitation/d34e37c842ab07c0d0c19428709958865fe93934/

Заявки принимаются до 15 июля 2023 года.
Вы можете принять участие в формировании программы школы путем предложения актуальных именно для вас тем. Укажите их в мотивационном письме.

Участие в школе бесплатное.

Контактная информация

По всем возникающим вопросам, просьба обращаться в Оргкомитет школы-конференции по электронной почте Semyon.Bodrov@zin.ru.