Широко распространенное мнение о том, что систематика включает в себя только две проблемы - практическую (скорейшее определение любого организма) и теоретическую (построение филогении) - совершенно не отражает всей широты задач. Возможность построения рациональных систем (подобных таковым в кристаллографии, химии или астрономии) отрицается в силу трех соображений: исторического обоснования органических форм, приспособительного характера органических форм и господствующей меристической философии35.
Трудности решения задач практической систематики и огромное количество фактов, не укладывающихся в прокрустово ложе господствующего биологического мировоззрения, ставят вопрос о необходимости пересмотра всех аспектов общей таксономии: практической систематики, теории биологической системы, общей логики систематики и философии системы.
Практическая систематика сталкивается с двумя основными проблемами - дискриминацией криптических или семикриптических (надежное определение только для одного пола) таксонов и построением естественной системы организмов. Задача дискриминации криптических таксонов получает наилучшее разрешение в методе дискриминантных функций для двух таксонов. Есть попытки распространить этот метод и на случай многих таксонов, но здесь еще много неразрешенных трудностей. Наиболее разработанным методом построения естественной системы является факторный анализ (нумерическая таксономия), но он имеет ряд недостатков: неэкономичность работы, игнорирование внутритаксонной изменчивости, сохранение как единственно возможной иерархической системы, производность последовательных таксонов и отсутствие статистической оценки уровней иерархии.
Усовершенствование практической систематики требует пересмотра теории системы. Этот пересмотр идет по двум направлениям:
Логические проблемы таксономии заключаются в ревизии формы системы. Иерархическая система мыслится как а) формальная аристотелевская, б) конгрегационная (Е.С. Смирнов), восходящая к Вик д'Азиру. Параметрическая может быть комбинированной при независимости направлений изменчивости и собственно параметрической при выделении одного или немногих независимых параметров, с которыми связываются остальные признаки.
Кризис старых представлений о филогенетическом характере естественной системы и обилие данных в пользу номогенетической эволюции заставляют пересмотреть и философские основания биологической систематики.
Выявляются следующие антитезы в подходе к явлениям природы:
Переплетение морфологических проблем неорганического и органического мира может быть иллюстрировано на примере фигур морозных узоров.