«Особый фонд» - это уникальное собрание книг, изданных с 1531 по 1825 год. Этот фонд включает редчайшие издания произведений таких классиков естествознания, как Аристотель, Плиний Старший, Улисс Альдрованди, Конрад Геснер, Марчелло Мальпиги, Франческо Реди, Пьер Белон, Ян Сваммердам и др. Кроме того, собрание включает книги первых натуралистов-путешественников Российской Академии наук – И. Палласа, И. Лепехина, С. Крашенинникова. «Коллекция собиралась в течение всех лет существования библиотеки Зоологического института. Ведет начало от библиотеки Петровской Кунсткамеры, а та, в свою очередь, от книжного собрания Аптекарского Приказа в Москве. Некоторые книги «особого фонда» были куплены по приказу Петра Первого в Голландии в 1717 году, в том числе книги знаменитой художницы и натуралистки Марии Сибиллы Мериан. В 1994 году издан печатный каталог, включающий более трех тысяч монографий, многотомных изданий и диссертаций. В целях сохранности книг "особого фонда" ведется работа по их превентивной консервации.