Cправочный аппарат библиотеки состоит из 

 - каталогов:

  • алфавитного
  • систематического
  • каталога диссертаций
  • каталога изданий на кириллице,

 - картотек:

  • алфавитной картотеки отечественных периодических изданий;
  • картотеки шифров отечественных периодических изданий;
  • алфавитной картотеки иностранных периодических изданий;
  • картотеки шифров иностранных периодических изданий.

 - электронных баз данных собственной генерации:

  • БД монографий, продолжающихся изданий, серий, авторефератов;
  • БД иностранных и отечественных периодических изданий;
  • БД статей из сборников.
 

   Библиотека Зоологического института обладает ретроспективными библиографическими справочниками, охватывающими зоологическую литературу начиная с XVI столетия. С 1864 по настоящее время библиотека получает ретроспективный библиографический указатель "Zoological Record", сейчас выпускаемый совместно компанией BIOSIS и Zoological Society of London. Реферативный журнал ВИНИТИ "Биология. Сводный том" библиотека получала с 1954 по 1995 год.

   На сайте Библиотеки РАН всем пользователям открыт бесплатный доступ к сводному электронному каталогу изданий фонда Библиотеки РАН и библиотек научно-исследовательских учреждений СПбНЦ РАН, в том числе отдела при ЗИН. Каталог отдела при ЗИН содержит библиографические описания монографий, продолжающихся изданий, серий, авторефератови статей из сборников (полученных за последние 10 лет), а также иностранных и отечественных периодических изданий (с XIX века по настоящее время).